Jours de carence en arrêt maladie : qui paie quoi ?

Deux jours de carence différents en arrêt maladie : sécurité sociale et employeur

La confusion vient de là : en arrêt maladie non professionnel, deux carences distinctes se superposent. La première concerne les indemnités journalières de la sécurité sociale : la caisse ne verse rien pendant les 3 premiers jours de l'arrêt, l'indemnisation commençant au 4e jour. La seconde concerne l'employeur : l'indemnité complémentaire légale de l'article L.1226-1 du code du travail n'est due qu'« au-delà de sept jours d'absence », c'est-à-dire à partir du 8e jour (article D.1226-3). Ces deux compteurs courent en parallèle dès le premier jour de l'arrêt, mais ne déclenchent pas les mêmes paiements.

En accident du travail ou maladie professionnelle, tout change : indemnités journalières dès le premier jour, et complément employeur dès le premier jour d'absence également — seuls les accidents de trajet restent traités comme la maladie.

Qui paie quoi, jour par jour

Pour un salarié éligible au seul régime légal — un an d'ancienneté, arrêt justifié dans les 48 heures, prise en charge par la sécurité sociale (L.1226-1) — le déroulé est le suivant :

• Jours 1 à 3 : personne ne paie. Ni indemnités journalières, ni complément légal.
• Jours 4 à 7 : la caisse verse les indemnités journalières, soit 50 % du salaire journalier de base calculé sur les 3 derniers mois, dans la limite de 42,97 € bruts par jour pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026 (salaire pris en compte plafonné à 1,4 SMIC). L'employeur ne doit toujours rien.
• À partir du jour 8 : l'employeur complète pour porter la rémunération à 90 % du brut pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant les 30 jours suivants (D.1226-1), durées allongées avec l'ancienneté.

Ce schéma légal est un plancher. Beaucoup de conventions collectives suppriment ou réduisent la carence employeur, imposent un maintien dès le premier jour ou à des taux supérieurs : le réflexe, avant toute paie d'arrêt maladie, est de lire la convention applicable, qui prime dès lors qu'elle est plus favorable.

Les cas où la carence ne s'applique pas

Côté sécurité sociale, le délai de carence de 3 jours tombe dans plusieurs situations : prolongation directe d'un arrêt initial, ou reprise du travail de 48 heures au plus entre deux arrêts ; arrêts liés à une affection de longue durée, où la carence ne s'applique qu'au premier arrêt d'une période de 3 ans ; interruption spontanée de grossesse ; et bien sûr accident du travail ou maladie professionnelle. Depuis le 1er septembre 2026, les durées de prescription étant plafonnées (31 jours pour l'arrêt initial, 62 jours par prolongation), les arrêts longs s'enchaînent par avis successifs : la règle des prolongations évite que la carence ne se réapplique à chaque renouvellement.

Côté employeur, la loi ne prévoit pas d'exception équivalente à la carence de 7 jours en maladie simple — seules la convention collective, un accord d'entreprise ou un usage peuvent la réduire ou la supprimer.

Ce que ça change en pratique pour l'employeur

Premier point de vigilance : la paie. Appliquer la carence légale alors que la convention collective l'a supprimée expose à un rappel de salaire ; l'inverse revient à payer ce qui n'est pas dû. Deuxième point : l'attestation de salaire, à transmettre dès la connaissance de l'arrêt, car c'est elle qui permet à la caisse de calculer et verser les indemnités journalières — carence comprise — et de faire fonctionner la subrogation si l'entreprise maintient le salaire. Troisième point : les arrêts courts répétés. Trois jours de carence ne signifient pas trois jours sans coût pour l'entreprise — désorganisation, remplacement, report de charge sur l'équipe — et un salarié qui multiplie les arrêts de moins de 8 jours ne déclenche jamais le complément légal, mais peut déclencher le maintien conventionnel dès le premier jour.

Ce qu'il faut retenir

• Deux carences distinctes : 3 jours pour les indemnités journalières de la caisse, 7 jours pour le complément légal de l'employeur (versé à partir du 8e jour).
• Jours 1 à 3 : rien ; jours 4 à 7 : IJ seules (50 % plafonnées à 42,97 €/jour) ; jour 8 et suivants : IJ plus complément employeur à 90 % du brut.
• Aucune carence en accident du travail ou maladie professionnelle, hors accident de trajet.
• La convention collective peut tout changer, mais seulement pour des conditions plus avantageuse — maintien dès le premier jour compris : c'est elle qu'il faut vérifier avant chaque paie d'arrêt.