Subrogation en arrêt maladie : comment ça marche pour l'employeur ?

Subrogation en arrêt maladie : de quoi parle-t-on ?

Quand un salarié est en arrêt maladie, il perçoit en principe deux flux distincts : les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) versées par sa CPAM, et le complément de salaire dû par l'employeur. La subrogation inverse le circuit : l'employeur verse au salarié sa rémunération maintenue, et c'est lui qui encaisse les IJSS à la place du salarié, en moyenne tous les 14 jours.

L'intérêt est double. Pour le salarié, un seul versement, sans rupture de trésorerie ni décalage entre la paie et la CPAM. Pour l'employeur, la maîtrise du circuit : il n'a pas à réclamer au salarié le reversement d'IJ déjà comprises dans le salaire maintenu.

Le mécanisme est prévu par l'article R. 323-11 du code de la sécurité sociale. Il se distingue du maintien de salaire lui-même, qui reste régi par le code du travail et votre convention collective.

Le maintien de salaire, condition de la subrogation

Pas de subrogation sans maintien de salaire. Deux conditions cumulatives, rappelées par l'Assurance Maladie, doivent être réunies : le salaire doit continuer à être versé, en totalité ou en partie, pendant l'arrêt, et le montant maintenu doit être au moins égal aux indemnités journalières dues au salarié.

Le socle légal du maintien est fixé par l'article L. 1226-1 du code du travail : à partir d'un an d'ancienneté, le salarié qui justifie de son incapacité dans les 48 heures et est pris en charge par la Sécurité sociale a droit à une indemnité complémentaire. Son montant est précisé par l'article D. 1226-1 : 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis deux tiers pendant les 30 jours suivants, ces durées étant augmentées de 10 jours par période entière de 5 ans d'ancienneté (article D. 1226-2). En maladie non professionnelle, cette indemnisation complémentaire ne démarre qu'après un délai de carence de 7 jours (article D. 1226-3) — à ne pas confondre avec les 3 jours de carence des IJSS. Beaucoup de conventions collectives font mieux que ce socle légal : c'est la convention qui fixe, en pratique, la période de subrogation à déclarer.

Côté Sécurité sociale, l'IJ maladie représente 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les salaires bruts des 3 derniers mois retenus dans la limite de 1,4 Smic, soit au maximum 42,97 € par jour pour les arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026.

Comment mettre en place la subrogation en DSN

La demande s'effectue au moment du signalement d'arrêt de travail dans la DSN (ou, pour les employeurs hors DSN, via l'attestation de salaire sur net-entreprises.fr). Trois informations sont décisives : les dates de début et de fin de la période de subrogation, qui doivent correspondre à la durée de maintien prévue par votre convention collective et non à la durée de l'arrêt, et un RIB valide de l'entreprise.

Un point de vigilance signalé par net-entreprises : la date de fin de subrogation ne coïncide pas forcément avec la fin de l'arrêt. Si le salarié épuise ses droits à maintien avant la fin de son arrêt, la subrogation s'arrête et les IJ sont de nouveau versées directement au salarié. Pensez aussi à ajuster la période en cas de prolongation.

Ce que la subrogation change — et ne change pas

La subrogation fluidifie la paie, mais elle ne réduit pas le coût de l'absence : l'employeur continue de financer le complément de salaire, les charges afférentes et la désorganisation. Elle ne vaut pas non plus validation de l'arrêt par l'employeur. Si un arrêt paraît injustifié, le maintien de salaire — et donc la subrogation qui en découle — peut être suspendu à la suite d'une contre-visite médicale patronale concluant à un arrêt non justifié (article L. 1226-1 du code du travail). Une plateforme comme MandaPro permet précisément d'organiser cette contre-visite avec un médecin indépendant, en quelques jours, pour sécuriser la décision de suspendre le complément.

Ce qu'il faut retenir

• La subrogation permet à l'employeur qui maintient le salaire d'encaisser directement les IJSS, versées par la CPAM environ tous les 14 jours.
• Deux conditions : un salaire maintenu (totalement ou partiellement) et un montant maintenu au moins égal aux IJ dues au salarié.
• La demande se fait dans le signalement d'arrêt en DSN, avec des dates de subrogation calées sur la durée de maintien conventionnelle, pas sur la durée de l'arrêt.
• La subrogation ne valide pas l'arrêt : en cas de doute, la contre-visite médicale reste le levier de contrôle de l'employeur.