Arrêts maladie longs : l'indemnisation limitée à un an à partir du 15 octobre 2026

Ce que change le décret

Un salarié en arrêt maladie perçoit des indemnités journalières de la Sécurité sociale. Pour la plupart des arrêts, leur versement est limité dans le temps. Les affections de longue durée (ALD) bénéficient d'une durée dérogatoire, qui était jusqu'ici de trois ans.

Le décret distingue désormais deux situations :

• ALD prise en charge à 100 % (dite « exonérante ») : la durée maximale reste de trois ans ;
• ALD non prise en charge à 100 % (dite « non exonérante ») : la durée maximale passe à un an.

Dans les deux cas, une nouvelle période d'indemnisation ne peut s'ouvrir qu'après un an de reprise du travail.

À partir de quand

Les nouvelles règles s'appliquent :

• aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 ;
• aux arrêts en cours au 15 octobre 2026 pour une incapacité atteignant six mois à compter de cette date.

Une exception est prévue : l'assuré qui, au 15 octobre 2026, bénéficie déjà de la procédure applicable aux affections de longue durée non exonérantes conserve l'ancienne règle, jusqu'au terme de ses trois ans.

La sanction des arrêts non justifiés

Le décret complète aussi la liste des faits que l'Assurance maladie peut pénaliser. Y figure désormais le fait, pour un assuré, d'obtenir la prescription d'un arrêt de travail non justifié. Cette disposition est entrée en vigueur le lendemain de la publication, soit le 19 septembre 2026.

Ce que ça change pour l'employeur

Le décret porte sur les indemnités versées par la Sécurité sociale. Il ne modifie pas les règles du maintien de salaire prévues par le code du travail.

Le maintien de salaire légal s'arrête d'ailleurs bien avant un an. Il dure trente jours à 90 % de la rémunération brute, puis trente jours aux deux tiers. Ces deux durées augmentent de dix jours par période entière de cinq ans d'ancienneté au-delà de la première année, sans dépasser quatre-vingt-dix jours chacune (articles D.1226-1 et D.1226-2 du code du travail). Une convention collective peut prévoir mieux.

Le point à surveiller est la prévoyance. Les garanties qui complètent les indemnités journalières sont souvent calculées à partir d'elles. Il est utile de vérifier comment le contrat traite leur arrêt au bout d'un an.

Tant que l'employeur verse un complément de salaire, il peut faire contrôler l'arrêt par un médecin de son choix. MandaPro le met en relation avec un médecin contrôleur indépendant, partout en France.